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1、包括编码链和非编码连的比对，而NCBI中提交的序列都是编码链的序列你在用DNAMAN的多序列比对时，在弹出的对话框中可能没有选择\“尝试使用双链”吧。
2、你测序得到的目的片段可能是非编码链（即你目的基因的编码链的互补序列）。
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